Obecny budynek Szkoły Podstawowej w Kłodawie został oddany do użytku w 1969 roku.
 

        Przy intensywnej działalności szkoły   problemy lokalowe stawały się coraz bardziej uciążliwe. W  marcu 1964r. Podczas spotkania rodziców z władzami oświatowymi i powiatowymi, podjęto decyzję o budowie nowej szkoły. Rodzice zobowiązali się, że wniosą wkład 25% wartości budowy.

       W kwietniu 1964r. powołano Komitet Budowy Szkoły, na czele którego stanął Teodor Lis. Rodzice wraz z uczniami przystąpili do pozyskiwania materiałów na budowę z rozbiórki ruin przy kościele ewangelickim.

        W 1966r. zatwierdzono plany budowy  szkoły w Kłodawie  na lata 1968/69. 10 stycznia 1968r.  rozpoczęto budowę  nowej szkoły, której koszt przewidziano na 3,4 mln. zł. 17 lutego 1968r. cała społeczność szkolna przeżywała uroczystość wmurowania kamienia węgielnego.

         Uroczyste otwarcie nowej szkoły w Kłodawie odbyło się 18 października 1969r. Przybyło na nie wielu ważnych gości – byli przedstawiciele władz powiatowych i wojewódzkich, nauczyciele i kierownicy z sąsiednich szkół , przedstawiciele pobliskich  zakładów pracy i rodzice.. Największą radość przeżywali uczniowie, ponieważ nareszcie doczekali się nowej szkoły. Piętrowy budynek szkoły o powierzchni 995 m² wyglądał okazale  na zewnątrz i wewnątrz.  Mieściło się w nim 8 pomieszczeń klasowych, gabinet dyrektora, gabinet lekarski, biblioteka, pokój nauczycielski, świetlica, kuchnia, sanitariaty na piętrze i na parterze, prysznice oraz 2 hole, w tym dolny przystosowany do prowadzenia lekcji wychowania fizycznego.

         W roku szkolnym 1970/71 szkoła przystąpiła do udziału w konkursie „Szkoła wzorem dla otoczenia” i zajęła  26 miejsce w województwie.

         W roku 1973/74 przy szkole w Kłodawie utworzono klasy uzawodowione VI i VII przygotowujące do zawodu rolnika. Z tej formy kształcenia korzystali uczniowie z całej gminy Trąbki Wielkie.

         W latach 1975 – 79  dokonało się wiele zmian i reorganizacji w oświacie.

Wydarzenia sierpniowe w 1980r. spowodowały  wydłużenie wakacji do 10  września. Nastroje, niezadowolenia, przestoje w pracy, strajki, miały również wpływ na życie szkoły.

         Nowy rok szkolny 1981/82 rozpoczął się również z opóźnieniem, 1 października. W szkole  tak i jak w całym społeczeństwie, panowała nerwowa atmosfera, spowodowana kolejkami, brakiem podstawowych  towarów, troską o jutro. 13 grudnia 1981r. W kraju ogłoszono stan wojenny. Zajęcia zostały zawieszone na miesiąc, ponieważ w szkole zakwaterowano wojsko.

         29 czerwca 1983r.  zakończył pracę na stanowisku dyrektora szkoły po 25 latach pracy w szkole w Kłodawie  Jan Chajewski, który przeszedł na emeryturę. Stanowisko dyrektora szkoły objęła Helena Grzywacz. W tym czasie nastąpiły pewne zmiany w budynku szkolnym. Z jednej sal na parterze utworzono szatnię, zorganizowano czytelnię połączoną z biblioteką i gabinetem języka polskiego. W szkole przeprowadzono remont, pomalowano klasy.

         W roku szkolnym 1986/87 szkoła zajęła I miejsce i tytuł „najlepszej szkoły w gminie” w Gminnym Konkursie Estetyzacji Szkół. Sukces został powtórzony w 1988 i 1989r. W tym roku szkolnym szkoła realizowała także zadania Ogólnopolskiego konkursu PCK „Nasza Szkoła Czysta i Zdrowa”. Efektem było zajęcie II miejsca na szczeblu wojewódzkim.

         Autorem kolejnego sukcesu była drużyna harcerska, która 13 maja 1989r. Zdobyła miano najlepszej drużyny w gminie. Pasmo sukcesów trwało. 29 marca 1990r. Chór szkolny zajął  I miejsce w eliminacjach wojewódzkich w Gdyni i III miejsce w makroregionalnych w Toruniu.

         We wrześniu 1991r. nastąpiła zmiana dyrektora szkoły. Po przejściu na emeryturę Heleny Grzywacz, powołano na stanowisko dyrektora Halinę Podolską, która te funkcję pełni do chwili obecnej.

         W listopadzie 1993r. uruchomiono kuchnię szkolną, która przygotowuje herbatę i posiłki jednodaniowe dla dzieci. Z dożywiania korzysta ok. 90 % uczniów, z czego spora grupa z rodzin gorzej sytuowanych jest zwolniona z odpłatności.

         27 lutego 1995r. Szkole Podstawowej w Kłodawie nadano imię patrona Marii Kownackiej- nauczycielki, bibliotekarki, pisarki, a przede wszystkim wielkiego przyjaciela  dzieci.

         1 września 1995r. szkoła przeżywała następne święto, jubileusz 50- lecia. Podczas uroczystości przebiegającej po hasłem  „Spotykamy się, aby wczoraj i dziś ocalić dla jutra„ nadano szkole sztandar.

         W roku 1997r. uruchomiono pracownię komputerową, a w 1999r. Podłączono Internet.

         W 1999r. nastąpiły duże zmiany w szkolnictwie w związku z wprowadzeniem reformy oświaty. W Trąbkach Wielkich powołano gimnazjum, ale ze względu na brak budynku utworzono 6 punktów filialnych we wszystkich szkołach podstawowych w gminie, w tym także w Kłodawie.

         W roku 2000 samorząd przeprowadził reorganizację sieci szkół na terenie gminy. Powstały 2 gimnazja: w Trąbkach Wielkich i w Warczu, zlikwidowano 3 szkoły  podstawowe, na terenie gminy pozostało ich 5: w Czerniewie, Kłodawie, Sobowidzu, Mierzeszynie i w Trąbkach Wielkich. Do obwodu szkolnego w Kłodawie dołączono wieś Kaczki.

         20 września 2000r. uruchomiono świetlicę socjoterapeutyczną, w której zajęcia odbywają się 3 razy w tygodniu w godzinach popołudniowych.

         W 2002r. szkoła przystąpiła do sieci „Szkół Promujących Zdrowie”. Również w 2000r.w drodze konkursu, szkole nadano logo.

         W 2004r. powstał nowy hymn szkoły autorstwa nauczyciela muzyki Krzysztofa Brzozowskiego.

         W 2005r. wymieniono w całym budynku okna i odmalowana pomieszczenia. Ułożono kostkę brukową przed głównym wejściem szkoły.